N6 -甲基腺嘌呤(N6-Methyladenosine, m6A)是非常豐富的轉(zhuǎn)錄組修飾之一，在幾乎所有生命的細(xì)胞RNA中都有發(fā)現(xiàn)，普遍分布在mRNA和lncRNA在3’UTR區(qū)域中。m6A功能非常豐富，包括調(diào)節(jié)RNA的剪接、核輸出、穩(wěn)定性和翻譯來(lái)影響RNA的命運(yùn)和表達(dá)，也因此成為近年來(lái)國(guó)內(nèi)外的研究熱點(diǎn)，國(guó)自然的研究數(shù)目屢屢攀高。為了滿足廣大科研工作者的需求，艾斯基因推出微量以及常量m6A甲基化免疫沉淀測(cè)序（m6A Methylation Immunoprecipitation Sequencing，m6A MeRIP-seq），在全基因組范圍內(nèi)鑒定具有m6A修飾的區(qū)域。其原理為通過(guò)特異識(shí)別m6A修飾的抗體，對(duì)細(xì)胞內(nèi)具有m6A修飾的RNA?段進(jìn)?免疫共沉淀。對(duì)沉淀下來(lái)的RNA?段進(jìn)??通量測(cè)序，結(jié)合?物信息學(xué)分析，對(duì)樣本m6A修飾進(jìn)?系統(tǒng)研究。MeRIP-seq是?前研究m6A修飾使?較普遍的技術(shù)之?。

重要技術(shù)質(zhì)控，用心服務(wù)每一個(gè)項(xiàng)目

艾斯團(tuán)隊(duì)專注表觀組學(xué)12年，提供表觀多組學(xué)完整解決方案；

每年服務(wù)100+海外和國(guó)內(nèi)企業(yè)及200+高校和醫(yī)院等客戶;

已經(jīng)完成人、動(dòng)植物等幾十個(gè)物種, 5000+例樣本項(xiàng)目;

嚴(yán)格m6A MeRIP建庫(kù)質(zhì)控和效率;

自動(dòng)化樣本處理、建庫(kù)及分析流程，保障高效周期，40天極速交付;

團(tuán)隊(duì)已經(jīng)發(fā)表Genome Biol、Nat Commun、Cell Res等高水平SCI文章；

專業(yè)的生物信息分析團(tuán)隊(duì), 提供更多個(gè)性化分析思路和方案

樣品類型和要求

數(shù)據(jù)信息分析

案例1 去甲基化酶ALKBH5通過(guò)PKMYT1 m6A修飾抑制胃癌的侵襲

Demethylase ALKBH5 suppresses invasion of gastric cancer via PKMYT1 m6A modification. Mol Cancer 21, 34 (2022) (IF=41.44)

研究方案：胃癌是嚴(yán)重危害人類健康的惡性腫瘤之一。胃癌轉(zhuǎn)移是癌癥治療失敗的主要原因之一，但N6 -甲基腺苷(m6A)與胃癌轉(zhuǎn)移的相關(guān)性報(bào)道較少。本研究采用Merip-seq檢測(cè)胃癌組織和正常組織（各三個(gè)重復(fù)）中的m6A修飾變化，qRT-PCR和IHC檢測(cè)ALKBH5在胃癌組織和細(xì)胞系中的表達(dá)，聯(lián)合RNA-seq和MeRIP-qRT-PCR技術(shù)篩選ALKBH5靶基因，后使用RNA Pull Down、質(zhì)譜法和Merip-seq篩選靶基因的“reader調(diào)控蛋白”。

研究亮點(diǎn)：關(guān)聯(lián)m6A和基因表達(dá)，鑒定ALKBH5靶基因及靶基因的調(diào)控蛋白

研究結(jié)果：1.胃癌組織中檢測(cè)到ALKBH5表達(dá)降低，去甲基酶ALKBH5干擾促進(jìn)胃癌細(xì)胞轉(zhuǎn)移。2.鑒定PKMYT1作為ALKBH5的下游靶點(diǎn)，促進(jìn)了GC的侵襲和遷移。3.由ALKBH5敲低或其去甲基化酶活性突變引起的PKMYT1表達(dá)上調(diào)表明ALKBH5以m6a依賴的方式調(diào)節(jié)PKMYT1的表達(dá)。4.IGF2BP3通過(guò)其m6A修飾位點(diǎn)幫助穩(wěn)定PKMYT1的mRNA穩(wěn)定性

圖1 MeRIP-seq揭示m6A與細(xì)胞粘附相關(guān)，ALKBH5與胃癌預(yù)后相關(guān)

案例2 番茄果實(shí)膨脹過(guò)程中mRNA m6A甲基組的獨(dú)特特征

Unique features of mRNA m6 A methylomes during expansion of tomato (Solanum lycopersicum) fruits

研究方案：盡管m6A在胚胎發(fā)育、花期控制、小孢子產(chǎn)生、果實(shí)成熟和逆境響應(yīng)等許多生物學(xué)過(guò)程中發(fā)揮了重要作用，但其在植物發(fā)育其他方面的作用仍有待探索。該研究通過(guò)平行的m6A免疫沉淀測(cè)序(m6A-seq)和RNA-seq分析，揭示了m6 A沉積與番茄果實(shí)膨脹之間的潛在聯(lián)系，鑒定番茄果實(shí)從未成熟綠期向成熟綠期擴(kuò)展的過(guò)程中的m6A水平和基因表達(dá)之間的關(guān)系。

研究亮點(diǎn)：多組學(xué)聯(lián)合分析，兩種抑制劑處理，關(guān)聯(lián)表型

研究結(jié)果：1.開(kāi)花后12，20,28天的番茄果實(shí)中全RNA和mRNA的m6A甲基化程度的逐步提升，分別檢測(cè)到15720、16547和16381個(gè)m6A Peak。2.大量參與生長(zhǎng)素和赤霉素信號(hào)傳導(dǎo)基因，以及一些與細(xì)胞擴(kuò)增和果皮厚度相關(guān)的基因都含有m6A修飾。3.m6A甲基化轉(zhuǎn)移酶抑制劑DA的注射降低m6A水平，加速果實(shí)成熟；去甲基化酶抑制劑MA的注射則延緩果實(shí)成熟。

圖二 直接注射m6A轉(zhuǎn)移酶抑制劑或去甲基化酶抑制劑對(duì)番茄果實(shí)發(fā)育的影響

常見(jiàn)問(wèn)題

1. 為什么MeRIP-seq需要測(cè)兩個(gè)樣本（Input和IP）？

常規(guī)m6A MeRIP-seq中Input和IP構(gòu)成一對(duì)組合。IP樣品使用m6A抗體特異性富集具有甲基化修飾的RNA，而Input則是僅含有RNA的對(duì)照，通過(guò)消除背景噪音和峰值PEAK計(jì)算，將兩個(gè)樣本不同m6A區(qū)域計(jì)算出來(lái)。

2. MeRIP-seq后續(xù)的實(shí)驗(yàn)怎么安排？

在利用MeRIP-seq得到m6A甲基化差異基因后，下一步可以通過(guò)MeRIP-qPCR直接對(duì)該基因進(jìn)行驗(yàn)證。也可以通過(guò)關(guān)聯(lián)多組學(xué)（比如RNA-seq）分析基因表達(dá)和m6A修飾的變化，從多方面挖掘分析內(nèi)容。